Główną przyczyną, dla której opracowany został Jednolity Plik Kontrolny jest uszczelnienie prawa podatkowego, zwłaszcza w zakresie podatku od towarów i usług. Wprowadzenie tego systemu ma jednak jeszcze kilka nie mniej istotnych zadań. Pierwszym z nich jest odejście od zbędnej biurokracji i papierologii. Kolejny to ułatwienie prowadzenie badań dla audytorów wewnętrznych i zewnętrznych. Wprowadzenie Jednolitego Pliku Kontrolnego ma przyczynić się też do przyspieszenia przebiegu kontroli podatkowych oraz do automatyzacji przedsiębiorstw i urzędów.
